有關給付薪資予員工時，是否應扣繳，是一般中小企業常常詢問的問題，為避免因不清楚相關規定而衍生稅務風險，本所將相關規定整理說明如下:
一、固定薪資部分
(一)如有請員工填報免稅額申報表，給付薪資時是否扣繳請依據薪資所得扣繳稅額表來判斷(單身者只要每月領取金額未達73,001元，則得免扣繳)。
(二)如未請員工填報免稅額申報表，則應依給付總額按5%扣繳(惟給付金額如未達40,001元，得免扣繳)。
以上兩種扣繳方式，對同一薪資受領人於同一年度應使用同一種扣繳方式扣繳稅款。
二、兼職或變動薪資部分
依目前法令規定，給付金額未達73,001元時，得免扣繳，如達73,001元，按全額扣繳5%。
最後，列出薪資所得扣繳辦法中，與前述說明相關之條文如下:
第1條:
凡公教軍警人員及公私事業或團體按月給付職工之薪資，除依所得稅法准予免徵所得稅者外，所有薪資之受領人，均應向其服務機關、團體或事業之扣繳義務人填報免稅額申報表，載明其依所得稅法第十七條規定准予減除免稅額之配偶及受扶養親屬之姓名、出生年月日及國民身分證統一編號等事項。
第5條:
薪資受領人未依本辦法規定填報免稅額申報表者，應依各類所得扣繳率標準第二條第一項第一款第二目規定，按全月給付總額扣取百分之五。兼職所得及非每月給付之薪資，扣繳義務人按給付額扣取百分之五。
依兩條規定說明，如果員工沒填免稅額申報表者，就一定要以5%來扣。
第8條:
薪資所得依本辦法規定，每月應扣繳稅額不超過新臺幣二千元者，免予扣繳；兼職所得及非每月給付之薪資，扣繳義務人每次給付金額未達薪資所得扣繳稅額表無配偶及受扶養親屬者之起扣標準者，免予扣繳。對同一納稅義務人全年給付金額不超過新臺幣一千元者，並得免依所得稅法第八十九條第三項之規定列單申報該管稽徵機關。